Methods to facilitate access to data within the muscomic
and muscadet objects.
Cells(): Get cell identifiers (addition of methods formuscomicandmuscadettoSeuratObject::Cells()).Features(): Get feature identifiers (addition of methods formuscomicandmuscadettoSeuratObject::Features()).coordFeatures(): Get coordinates of features data frames.matCounts(): Get raw count matrices.matLogRatio(): Get log R ratio matrices.
Usage
coordFeatures(x)
matCounts(x)
matLogRatio(x)
# S3 method for class 'muscomic'
Cells(x, ...)
# S3 method for class 'muscadet'
Cells(x, ...)
# S3 method for class 'muscomic'
Features(x, ...)
# S3 method for class 'muscadet'
Features(x, ...)
# S4 method for class 'muscomic'
coordFeatures(x)
# S4 method for class 'muscadet'
coordFeatures(x)
# S4 method for class 'muscomic'
matCounts(x)
# S4 method for class 'muscadet'
matCounts(x)
# S4 method for class 'muscomic'
matLogRatio(x)
# S4 method for class 'muscadet'
matLogRatio(x)Value
Cells:
if
xis amuscomic()object: a vector of cell names.if
xis amuscadet()object: a list of cell names vectors, one list element per omic.
Features:
if
xis amuscomic()object: a vector of feature names.if
xis amuscadet()object: a list of feature names vectors, one list element per omic.
coordFeatures:
if
xis amuscomic()object: a data frame of feature coordinates.if
xis amuscadet()object: a list of feature coordinates data frames, one list element per omic.
matCounts:
if
xis amuscomic()object: adgCMatrixfeatures x cells.if
xis amuscadet()object: a list ofdgCMatricesfeatures x cells, one list element per omic.
matLogRatio:
if
xis amuscomic()object: amatrixfeatures x cells.if
xis amuscadet()object: a list ofmatricesfeatures x cells, one list element per omic.
Details
The Cells(), Features(), and coordFeatures() functions return information
associated with the coverage slot of muscomic objects. Their behavior depends
on whether log R ratios have been computed:
Before log R ratio computation: they return data from the counts layer of the coverage slot.
After log R ratio computation: if the coverage slot contains a logratio layer, they return the corresponding data instead of the raw counts.
Examples
library("SeuratObject")
# Load example muscadet object
# data("exdata_muscadet")
Cells(exdata_muscadet) # list of 2 cell names vectors for the 2 omics
#> $ATAC
#> [1] "samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1" "samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1"
#> [3] "samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1" "samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1"
#> [5] "samplename_AATCCTAAGGTCCTAG-1" "samplename_AATTTCCTCGAAGTGA-1"
#> [7] "samplename_ACATCATCAGGCTTCG-1" "samplename_ACCAAACTCTAACCTT-1"
#> [9] "samplename_ACCAGGACAGTTTGTG-1" "samplename_ACCGCAATCCCTGATC-1"
#> [11] "samplename_ACGCTTGAGACTATTG-1" "samplename_ACGTTACAGACAAGTG-1"
#> [13] "samplename_ACTTACTTCATTAGCA-1" "samplename_AGCAAATAGCGAGGTG-1"
#> [15] "samplename_AGGATATAGGGCTTAT-1" "samplename_AGGCGGATCTGCAACG-1"
#> [17] "samplename_AGGTCATTCTTGTCTG-1" "samplename_AGTAATCGTGGTTAGC-1"
#> [19] "samplename_AGTGAACCACAGGATG-1" "samplename_AGTTGCAGTCCTTAGT-1"
#> [21] "samplename_ATGTGAGAGCACGTTG-1" "samplename_ATTTGCAAGCGTGCGT-1"
#> [23] "samplename_CATTGTGCAGGGAGCT-1" "samplename_CCCGTAAAGTGGACAA-1"
#> [25] "samplename_CCGCAAGGTAAGGTTT-1" "samplename_CCGGTTAAGGAGCAAC-1"
#> [27] "samplename_CCTAAAGGTTTATTCG-1" "samplename_CGAAGCGAGACAAGTG-1"
#> [29] "samplename_CGCACCACAAGGACCA-1" "samplename_CGGGTATGTATCTGGA-1"
#> [31] "samplename_CGGTAACGTTAACGGC-1" "samplename_CGGTTGGGTGTTGTAG-1"
#> [33] "samplename_CGTCCTAGTTGTCATC-1" "samplename_CTCCTGAGTAACGGGA-1"
#> [35] "samplename_CTCTAGCTCCGCAAAT-1" "samplename_CTGCTATGTTCCGGCT-1"
#> [37] "samplename_CTGGATGTCACTTTAC-1" "samplename_CTTACTAGTATCTGGA-1"
#> [39] "samplename_CTTCGCGTCTAAGGTC-1" "samplename_CTTGCTCAGTTAGCCG-1"
#> [41] "samplename_CTTGTAAAGTTAGACC-1" "samplename_CTTTAGTTCTAGCTAA-1"
#> [43] "samplename_GAGTAATAGGGCCACT-1" "samplename_GATTAGTGTCAGGCCA-1"
#> [45] "samplename_GCCATTACAGGCGAGT-1" "samplename_GCGCCTTGTTCCGGGA-1"
#> [47] "samplename_GCTGTGATCCGCCTCA-1" "samplename_GGCAAATCAAGTAAGC-1"
#> [49] "samplename_GGTCTTGAGCAAGGGT-1" "samplename_GGTTATGGTGTTTCAC-1"
#> [51] "samplename_GTAGGCGAGTGCACGC-1" "samplename_GTCAAACTCTAGCGTG-1"
#> [53] "samplename_GTCTAACAGGAGCACG-1" "samplename_GTGCGGTTCCCAGTAG-1"
#> [55] "samplename_GTGTGCGGTGGACCTG-1" "samplename_TAATCCGCAAAGGTAC-1"
#> [57] "samplename_TACAAGCTCGCTATGG-1" "samplename_TACTGACAGACTCGCA-1"
#> [59] "samplename_TACTTCGTCATGGCCA-1" "samplename_TAGCTTGCAAATTCGT-1"
#> [61] "samplename_TAGTCAATCGCTTGCT-1" "samplename_TCTTGACGTACCGTTT-1"
#> [63] "samplename_TCTTTGTAGGACTTAC-1" "samplename_TGAGGGCCAAGCCACT-1"
#> [65] "samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1" "samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1"
#> [67] "samplename_TTACACCGTGGTTATG-1" "samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1"
#> [69] "samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1" "samplename_TTGCATTTCTCACATT-1"
#> [71] "samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1"
#>
#> $RNA
#> [1] "samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1" "samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1"
#> [3] "samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1" "samplename_AATCCTAAGGTCCTAG-1"
#> [5] "samplename_AATTTCCTCGAAGTGA-1" "samplename_ACATCATCAGGCTTCG-1"
#> [7] "samplename_ACCAAACTCTAACCTT-1" "samplename_ACCAGGACAGTTTGTG-1"
#> [9] "samplename_ACCGCAATCCCTGATC-1" "samplename_ACGTTACAGACAAGTG-1"
#> [11] "samplename_ACTTACTTCATTAGCA-1" "samplename_AGACCCGGTCTAGCTT-1"
#> [13] "samplename_AGCAAATAGCGAGGTG-1" "samplename_AGGATATAGGGCTTAT-1"
#> [15] "samplename_AGGCGGATCTGCAACG-1" "samplename_AGGTCATTCTTGTCTG-1"
#> [17] "samplename_AGTGAACCACAGGATG-1" "samplename_AGTTGCAGTCCTTAGT-1"
#> [19] "samplename_ATGTGAGAGCACGTTG-1" "samplename_ATTTGCAAGCGTGCGT-1"
#> [21] "samplename_CCCGTAAAGTGGACAA-1" "samplename_CCGCAAGGTAAGGTTT-1"
#> [23] "samplename_CCGGTTAAGGAGCAAC-1" "samplename_CCTAAAGGTTTATTCG-1"
#> [25] "samplename_CGAAGCGAGACAAGTG-1" "samplename_CGCACCACAAGGACCA-1"
#> [27] "samplename_CGGGTATGTATCTGGA-1" "samplename_CGGTAACGTTAACGGC-1"
#> [29] "samplename_CGGTTGGGTGTTGTAG-1" "samplename_CGTCCTAGTTGTCATC-1"
#> [31] "samplename_CTCCTGAGTAACGGGA-1" "samplename_CTCTAGCTCCGCAAAT-1"
#> [33] "samplename_CTGCTATGTTCCGGCT-1" "samplename_CTGGATGTCACTTTAC-1"
#> [35] "samplename_CTTCGCGTCTAAGGTC-1" "samplename_CTTGCTCAGTTAGCCG-1"
#> [37] "samplename_CTTGTAAAGTTAGACC-1" "samplename_CTTTAGTTCTAGCTAA-1"
#> [39] "samplename_GAGTAATAGGGCCACT-1" "samplename_GATTAGTGTCAGGCCA-1"
#> [41] "samplename_GCAAACTTCATCAGTA-1" "samplename_GCCATTACAGGCGAGT-1"
#> [43] "samplename_GCGCCTTGTTCCGGGA-1" "samplename_GCTGTAAGTTCGCGCT-1"
#> [45] "samplename_GCTGTGATCCGCCTCA-1" "samplename_GGCAAATCAAGTAAGC-1"
#> [47] "samplename_GGTCTTGAGCAAGGGT-1" "samplename_GGTTATGGTGTTTCAC-1"
#> [49] "samplename_GTAGGCGAGTGCACGC-1" "samplename_GTCAAACTCTAGCGTG-1"
#> [51] "samplename_GTCTAACAGGAGCACG-1" "samplename_GTGCGGTTCCCAGTAG-1"
#> [53] "samplename_GTGTGCGGTGGACCTG-1" "samplename_TACAAGCTCGCTATGG-1"
#> [55] "samplename_TACTGACAGACTCGCA-1" "samplename_TACTTCGTCATGGCCA-1"
#> [57] "samplename_TAGTCAATCGCTTGCT-1" "samplename_TCGTCAACACCAACCG-1"
#> [59] "samplename_TCTTAGTTCTAGCGAT-1" "samplename_TCTTGACGTACCGTTT-1"
#> [61] "samplename_TCTTGTCCAGCATTAT-1" "samplename_TGAGGGCCAAGCCACT-1"
#> [63] "samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1" "samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1"
#> [65] "samplename_TTACACCGTGGTTATG-1" "samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1"
#> [67] "samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1" "samplename_TTGCATTTCTCACATT-1"
#> [69] "samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1"
#>
Cells(exdata_muscadet)$ATAC # cell names vector from the omic ATAC
#> [1] "samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1" "samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1"
#> [3] "samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1" "samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1"
#> [5] "samplename_AATCCTAAGGTCCTAG-1" "samplename_AATTTCCTCGAAGTGA-1"
#> [7] "samplename_ACATCATCAGGCTTCG-1" "samplename_ACCAAACTCTAACCTT-1"
#> [9] "samplename_ACCAGGACAGTTTGTG-1" "samplename_ACCGCAATCCCTGATC-1"
#> [11] "samplename_ACGCTTGAGACTATTG-1" "samplename_ACGTTACAGACAAGTG-1"
#> [13] "samplename_ACTTACTTCATTAGCA-1" "samplename_AGCAAATAGCGAGGTG-1"
#> [15] "samplename_AGGATATAGGGCTTAT-1" "samplename_AGGCGGATCTGCAACG-1"
#> [17] "samplename_AGGTCATTCTTGTCTG-1" "samplename_AGTAATCGTGGTTAGC-1"
#> [19] "samplename_AGTGAACCACAGGATG-1" "samplename_AGTTGCAGTCCTTAGT-1"
#> [21] "samplename_ATGTGAGAGCACGTTG-1" "samplename_ATTTGCAAGCGTGCGT-1"
#> [23] "samplename_CATTGTGCAGGGAGCT-1" "samplename_CCCGTAAAGTGGACAA-1"
#> [25] "samplename_CCGCAAGGTAAGGTTT-1" "samplename_CCGGTTAAGGAGCAAC-1"
#> [27] "samplename_CCTAAAGGTTTATTCG-1" "samplename_CGAAGCGAGACAAGTG-1"
#> [29] "samplename_CGCACCACAAGGACCA-1" "samplename_CGGGTATGTATCTGGA-1"
#> [31] "samplename_CGGTAACGTTAACGGC-1" "samplename_CGGTTGGGTGTTGTAG-1"
#> [33] "samplename_CGTCCTAGTTGTCATC-1" "samplename_CTCCTGAGTAACGGGA-1"
#> [35] "samplename_CTCTAGCTCCGCAAAT-1" "samplename_CTGCTATGTTCCGGCT-1"
#> [37] "samplename_CTGGATGTCACTTTAC-1" "samplename_CTTACTAGTATCTGGA-1"
#> [39] "samplename_CTTCGCGTCTAAGGTC-1" "samplename_CTTGCTCAGTTAGCCG-1"
#> [41] "samplename_CTTGTAAAGTTAGACC-1" "samplename_CTTTAGTTCTAGCTAA-1"
#> [43] "samplename_GAGTAATAGGGCCACT-1" "samplename_GATTAGTGTCAGGCCA-1"
#> [45] "samplename_GCCATTACAGGCGAGT-1" "samplename_GCGCCTTGTTCCGGGA-1"
#> [47] "samplename_GCTGTGATCCGCCTCA-1" "samplename_GGCAAATCAAGTAAGC-1"
#> [49] "samplename_GGTCTTGAGCAAGGGT-1" "samplename_GGTTATGGTGTTTCAC-1"
#> [51] "samplename_GTAGGCGAGTGCACGC-1" "samplename_GTCAAACTCTAGCGTG-1"
#> [53] "samplename_GTCTAACAGGAGCACG-1" "samplename_GTGCGGTTCCCAGTAG-1"
#> [55] "samplename_GTGTGCGGTGGACCTG-1" "samplename_TAATCCGCAAAGGTAC-1"
#> [57] "samplename_TACAAGCTCGCTATGG-1" "samplename_TACTGACAGACTCGCA-1"
#> [59] "samplename_TACTTCGTCATGGCCA-1" "samplename_TAGCTTGCAAATTCGT-1"
#> [61] "samplename_TAGTCAATCGCTTGCT-1" "samplename_TCTTGACGTACCGTTT-1"
#> [63] "samplename_TCTTTGTAGGACTTAC-1" "samplename_TGAGGGCCAAGCCACT-1"
#> [65] "samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1" "samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1"
#> [67] "samplename_TTACACCGTGGTTATG-1" "samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1"
#> [69] "samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1" "samplename_TTGCATTTCTCACATT-1"
#> [71] "samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1"
Cells(exdata_muscadet$ATAC) # cell names vector from the ATAC muscomic object
#> [1] "samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1" "samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1"
#> [3] "samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1" "samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1"
#> [5] "samplename_AATCCTAAGGTCCTAG-1" "samplename_AATTTCCTCGAAGTGA-1"
#> [7] "samplename_ACATCATCAGGCTTCG-1" "samplename_ACCAAACTCTAACCTT-1"
#> [9] "samplename_ACCAGGACAGTTTGTG-1" "samplename_ACCGCAATCCCTGATC-1"
#> [11] "samplename_ACGCTTGAGACTATTG-1" "samplename_ACGTTACAGACAAGTG-1"
#> [13] "samplename_ACTTACTTCATTAGCA-1" "samplename_AGCAAATAGCGAGGTG-1"
#> [15] "samplename_AGGATATAGGGCTTAT-1" "samplename_AGGCGGATCTGCAACG-1"
#> [17] "samplename_AGGTCATTCTTGTCTG-1" "samplename_AGTAATCGTGGTTAGC-1"
#> [19] "samplename_AGTGAACCACAGGATG-1" "samplename_AGTTGCAGTCCTTAGT-1"
#> [21] "samplename_ATGTGAGAGCACGTTG-1" "samplename_ATTTGCAAGCGTGCGT-1"
#> [23] "samplename_CATTGTGCAGGGAGCT-1" "samplename_CCCGTAAAGTGGACAA-1"
#> [25] "samplename_CCGCAAGGTAAGGTTT-1" "samplename_CCGGTTAAGGAGCAAC-1"
#> [27] "samplename_CCTAAAGGTTTATTCG-1" "samplename_CGAAGCGAGACAAGTG-1"
#> [29] "samplename_CGCACCACAAGGACCA-1" "samplename_CGGGTATGTATCTGGA-1"
#> [31] "samplename_CGGTAACGTTAACGGC-1" "samplename_CGGTTGGGTGTTGTAG-1"
#> [33] "samplename_CGTCCTAGTTGTCATC-1" "samplename_CTCCTGAGTAACGGGA-1"
#> [35] "samplename_CTCTAGCTCCGCAAAT-1" "samplename_CTGCTATGTTCCGGCT-1"
#> [37] "samplename_CTGGATGTCACTTTAC-1" "samplename_CTTACTAGTATCTGGA-1"
#> [39] "samplename_CTTCGCGTCTAAGGTC-1" "samplename_CTTGCTCAGTTAGCCG-1"
#> [41] "samplename_CTTGTAAAGTTAGACC-1" "samplename_CTTTAGTTCTAGCTAA-1"
#> [43] "samplename_GAGTAATAGGGCCACT-1" "samplename_GATTAGTGTCAGGCCA-1"
#> [45] "samplename_GCCATTACAGGCGAGT-1" "samplename_GCGCCTTGTTCCGGGA-1"
#> [47] "samplename_GCTGTGATCCGCCTCA-1" "samplename_GGCAAATCAAGTAAGC-1"
#> [49] "samplename_GGTCTTGAGCAAGGGT-1" "samplename_GGTTATGGTGTTTCAC-1"
#> [51] "samplename_GTAGGCGAGTGCACGC-1" "samplename_GTCAAACTCTAGCGTG-1"
#> [53] "samplename_GTCTAACAGGAGCACG-1" "samplename_GTGCGGTTCCCAGTAG-1"
#> [55] "samplename_GTGTGCGGTGGACCTG-1" "samplename_TAATCCGCAAAGGTAC-1"
#> [57] "samplename_TACAAGCTCGCTATGG-1" "samplename_TACTGACAGACTCGCA-1"
#> [59] "samplename_TACTTCGTCATGGCCA-1" "samplename_TAGCTTGCAAATTCGT-1"
#> [61] "samplename_TAGTCAATCGCTTGCT-1" "samplename_TCTTGACGTACCGTTT-1"
#> [63] "samplename_TCTTTGTAGGACTTAC-1" "samplename_TGAGGGCCAAGCCACT-1"
#> [65] "samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1" "samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1"
#> [67] "samplename_TTACACCGTGGTTATG-1" "samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1"
#> [69] "samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1" "samplename_TTGCATTTCTCACATT-1"
#> [71] "samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1"
length(Cells(exdata_muscadet))
#> [1] 2
length(Cells(exdata_muscadet)$ATAC)
#> [1] 71
length(Cells(exdata_muscadet$ATAC))
#> [1] 71
Features(exdata_muscadet)
#> $ATAC
#> [1] "240" "241" "242" "243" "244" "245" "246" "247" "248" "249" "250" "251"
#> [13] "252" "253" "254" "255" "256" "257" "258" "259" "260" "261" "262" "263"
#> [25] "264" "265" "266" "267" "268" "269" "270" "273" "274" "283" "284" "285"
#> [37] "286" "287" "288" "289" "290" "291" "292" "293" "295" "296" "297" "298"
#> [49] "299" "300" "301" "302" "303" "304" "305" "306" "307" "313" "314" "315"
#> [61] "316" "317" "318" "319" "321" "322" "323" "324" "325" "328" "329" "330"
#> [73] "331" "332" "333" "334" "335" "336" "337" "338" "339" "340" "341" "342"
#> [85] "343" "344" "345" "346" "347" "348" "352" "353" "354" "355" "356" "357"
#> [97] "358" "359" "360" "361" "362" "363" "367" "368" "369" "370" "371" "372"
#> [109] "373" "374" "375" "376" "377" "378" "379" "380" "383" "384" "385" "386"
#> [121] "387" "388" "389" "390" "391" "392" "395" "396" "397" "398" "399" "406"
#> [133] "408" "409" "410" "411" "412" "414" "415" "416" "417" "418" "419" "420"
#> [145] "421" "422" "423" "424" "425" "426" "427" "674" "675" "676" "678" "679"
#> [157] "680" "681" "682" "683" "684" "685" "686" "687" "688" "689" "690" "691"
#> [169] "692" "693" "694" "697" "698" "699" "700" "701" "702" "703" "704" "705"
#> [181] "706" "707" "709" "710" "711" "712" "713" "714" "715" "716" "717" "718"
#> [193] "719" "720" "721" "722" "723" "724" "727" "728" "729" "730" "731" "732"
#> [205] "733" "734" "735" "736" "737" "738" "739" "740" "741"
#>
#> $RNA
#> [1] "TADA3" "RPUSD3" "CRELD1" "VGLL4" "NUP210" "COLQ"
#> [7] "DPH3" "RFTN1" "PP2D1" "ZCWPW2" "MLH1" "GOLGA4"
#> [13] "PLCD1" "SLC25A38" "EIF1B" "ZNF35" "ZDHHC3" "EXOSC7"
#> [19] "FYCO1" "SHISA5" "DAG1" "TUSC2" "DOCK3" "PARP3"
#> [25] "ABHD14B" "RPL29" "TWF2" "GLYCTK" "PBRM1" "GLT8D1"
#> [31] "APPL1" "ARF4" "MAGI1" "LRIG1" "PPP4R2" "EBLN2"
#> [37] "GBE1" "CGGBP1" "EPHA6" "TMEM45A" "TRMT10C" "DZIP3"
#> [43] "TIGIT" "GOLGB1" "SLC15A2" "CD86" "WDR5B" "MGLL"
#> [49] "PIK3R4" "MRPL3" "MSL2" "RASA2" "COMMD2" "EIF2A"
#> [55] "MFSD1" "GOLIM4" "PIK3CA" "YEATS2" "DVL3" "POLR2H"
#> [61] "LPP" "UTS2B" "ACAP2" "FBXO45" "PAK2" "LRCH3"
#> [67] "GAK" "TMEM175" "NELFA" "MXD4" "TNIP2" "SH3BP2"
#> [73] "NOP14" "LYAR" "MAN2B2" "TBC1D14" "TADA2B" "GRPEL1"
#> [79] "RAB28" "QDPR" "LAP3" "DCAF16" "LCORL" "PI4K2B"
#> [85] "TLR1" "RFC1" "UGDH" "YIPF7" "NFXL1" "TMEM165"
#> [91] "EXOC1" "REST" "UGT2B17" "UTP3" "MOB1B" "COX18"
#> [97] "RASSF6" "PARM1" "G3BP2" "SCARB2" "RASGEF1B" "TMEM150C"
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#> 740 1.2647520 174 1.83157895 2.1568921 TRUE 5648.9907
#> 741 1.9095229 425 4.47368421 3.5305418 TRUE 11696.2694
#> sdReads.norm.tum meanReads.norm.ref sdReads.norm.ref meanLRR.raw.tum
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#> 408 0.8609573 64 0.67368421 1.2585208 TRUE 2429.6186
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#> 411 0.8138638 50 0.52631579 1.0194085 TRUE 1955.2344
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#> 311 NA NA NA NA
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#> 320 NA NA NA NA
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#> samplename_GCTGTGATCCGCCTCA-1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . 19 . . 1 . . .
#> samplename_GGCAAATCAAGTAAGC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . 17 . . . 3 . .
#> samplename_GGTCTTGAGCAAGGGT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . 4 . . . . . .
#> samplename_GGTTATGGTGTTTCAC-1 . . . . . . 2 . . . 2 1 . . . . 11 . . . 3 . .
#> samplename_GTAGGCGAGTGCACGC-1 . . . . . . . . . 1 . 2 . . . . 16 . . . . . .
#> samplename_GTCAAACTCTAGCGTG-1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . 29 . . . . . .
#> samplename_GTCTAACAGGAGCACG-1 . . . . . . . . . 1 . 6 . . 1 . 5 . . . . . .
#> samplename_GTGCGGTTCCCAGTAG-1 . . . . . . . 2 . 1 . . . . . . 25 . . 3 2 . .
#> samplename_GTGTGCGGTGGACCTG-1 . . . . . 1 1 . . . . 1 . . . . 6 . . . . . .
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#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
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#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . .
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . 11 . . . . . .
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#>
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 . . . 1 . . . . . . . 2 3 . . 12 . . . 2 . 1 .
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#> samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1 . . . 1 1 . . . . . . . 4 . . 4 . . . 10 . . 1
#> samplename_AATCCTAAGGTCCTAG-1 . . . . . . . . . . . . 3 . 1 12 . . . . . . 3
#> samplename_AATTTCCTCGAAGTGA-1 . . . . . . . . . . . . 2 . . 6 . . . 1 . 1 .
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#> samplename_ACCAAACTCTAACCTT-1 . . . . . . . . . . . . 11 . 1 10 . . . 5 . 2 4
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#> samplename_AGGCGGATCTGCAACG-1 . . 1 1 . . . . . . . . 10 . . 1 . . . 10 . 1 3
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#> samplename_CCGGTTAAGGAGCAAC-1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
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#>
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#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 . 3 . . . 1 . 2 1 2 . . . . 1 . . . . . 2 . .
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#>
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 . . . . . 2 . . 2 . . 1 . . . . . . . . 7 1 1 .
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#> samplename_AGGTCATTCTTGTCTG-1 . . . . . . . . 2 2 . . . . . . . . . . 8 . . .
#> samplename_AGTGAACCACAGGATG-1 . . . . . . . . 4 . . . . . . . . . . . 2 . . .
#> samplename_AGTTGCAGTCCTTAGT-1 . . . . 2 . . 1 7 . . . . . . . 1 . . . 7 . . .
#> samplename_ATGTGAGAGCACGTTG-1 . . . . . 1 . . 2 . . . . . . . . . . . 1 1 1 .
#> samplename_ATTTGCAAGCGTGCGT-1 . . . . 2 . . 1 7 . 2 1 . . . . 2 . . . 8 . . .
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#> samplename_CCGCAAGGTAAGGTTT-1 . . 1 . . . . 2 10 . . 5 . . 4 . . . . . 31 2 . .
#> samplename_CCGGTTAAGGAGCAAC-1 . . . . . . . . 8 . . . . . . . . . . . 3 1 . .
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#> samplename_TCTTGACGTACCGTTT-1 . . . . . 3 . 2 9 . . 8 . . 1 . . . . . 14 2 . .
#> samplename_TCTTGTCCAGCATTAT-1 . . . . . 1 . . 5 . 1 2 1 . . . . . . . 5 . 1 .
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#>
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 3 . . 1 . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
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#> samplename_AGGCGGATCTGCAACG-1 4 . . 10 . 2 5 . 5 . . . 2 . 1 . . 2 . . . . . .
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#>
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#> samplename_GTGCGGTTCCCAGTAG-1 1 2 . . 4 . . . 1 1 15 . . 2 . . . 9 . 1 7 2 . .
#> samplename_GTGTGCGGTGGACCTG-1 . 6 . . 4 . 1 . . . 4 . . . . . . 1 . 1 . . . .
#> samplename_TACAAGCTCGCTATGG-1 . . . . 2 . . 1 . 1 . . . 2 . . . 4 . . . 3 . .
#> samplename_TACTGACAGACTCGCA-1 . 3 . 2 3 . . 1 . . 1 . . 5 . . . 6 . 5 3 1 . .
#> samplename_TACTTCGTCATGGCCA-1 . . . . 9 . . . . . 6 1 . . . . . 1 1 . 1 . . .
#> samplename_TAGTCAATCGCTTGCT-1 . 1 . . 5 . . . . . 6 . . 1 . . . 4 . 3 4 . . .
#> samplename_TCGTCAACACCAACCG-1 . . . . . . . 1 . . . . . 2 . . . . . 1 1 . . .
#> samplename_TCTTAGTTCTAGCGAT-1 . . . . . . . . . . 4 . . . . . . 2 . . . . . .
#> samplename_TCTTGACGTACCGTTT-1 . . . . 3 . . . 1 . 3 2 . 1 . . . 4 . 1 . . . .
#> samplename_TCTTGTCCAGCATTAT-1 . . . . 3 . . . . . 5 . . . . . . . . 1 . 2 . .
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#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 . . . . . . . . . 1 . 1 . 1 . . . . . 1 . 2 . .
#>
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 1 . . . . . 7 . . . . . . . 3 . . 1 . . . . .
#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 . . . . . 3 . . 1 . . . . . 3 . . . 1 . . . .
#> samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1 . . . . . 28 1 . . . . . . . 3 . . 3 3 . . . 2
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#> samplename_AATTTCCTCGAAGTGA-1 . . . . 1 1 . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . .
#> samplename_ACATCATCAGGCTTCG-1 . . 1 . 1 30 3 . . . . . 1 . 3 . . 3 3 . . . 1
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#> samplename_ACCGCAATCCCTGATC-1 . . . . . 8 . . . . 2 . . . 2 . . . . . . . 1
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#> samplename_AGGTCATTCTTGTCTG-1 . . . . . 10 . . . . . . . . 8 . . 4 . . . . .
#> samplename_AGTGAACCACAGGATG-1 . . 4 . . 4 3 . . . . . . . . . . 2 1 . . . .
#> samplename_AGTTGCAGTCCTTAGT-1 . . . . 1 . 1 . . . . . . . 3 . . . . . . . .
#> samplename_ATGTGAGAGCACGTTG-1 . . . . 1 2 . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
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#>
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#>
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#> samplename_CCCGTAAAGTGGACAA-1 . . . . . . . . . . . . . 2 . 2 . 4 . 4 . . . .
#> samplename_CCGCAAGGTAAGGTTT-1 . . . . . . . 1 . . . 1 . 3 . 3 . 5 . 4 . . . .
#> samplename_CCGGTTAAGGAGCAAC-1 . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . 2 . 2 . . . .
#> samplename_CCTAAAGGTTTATTCG-1 . . . . . 2 . . . . . . . 1 . 1 . 4 . . . 1 . .
#> samplename_CGAAGCGAGACAAGTG-1 . 2 . . 1 . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . .
#> samplename_CGCACCACAAGGACCA-1 1 . . . . . . 1 . . . 3 . . . . . 4 . . . . . .
#> samplename_CGGGTATGTATCTGGA-1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 3 . 1 . . . .
#> samplename_CGGTAACGTTAACGGC-1 . . . . . . . . . 1 . . . . . 3 . 2 . 1 . . . .
#> samplename_CGGTTGGGTGTTGTAG-1 . 1 1 . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . .
#> samplename_CGTCCTAGTTGTCATC-1 2 . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . .
#> samplename_CTCCTGAGTAACGGGA-1 . . 1 . 1 . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . .
#> samplename_CTCTAGCTCCGCAAAT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
#> samplename_CTGCTATGTTCCGGCT-1 1 2 . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . .
#> samplename_CTGGATGTCACTTTAC-1 . . 1 . 1 . 2 . . 2 . . . . . . . 1 . . . . . .
#> samplename_CTTCGCGTCTAAGGTC-1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 9 . . . . . .
#> samplename_CTTGCTCAGTTAGCCG-1 . . 2 . . . . . . . . . . 2 . . 1 5 . . . 3 . .
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#> samplename_GCAAACTTCATCAGTA-1 . . . . 1 1 . . . . . . . . . . 1 10 . . . . . .
#> samplename_GCCATTACAGGCGAGT-1 . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . 3 . . . . . .
#> samplename_GCGCCTTGTTCCGGGA-1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 3 . . . . . .
#> samplename_GCTGTAAGTTCGCGCT-1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> samplename_GCTGTGATCCGCCTCA-1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 2 . 2 . . . .
#> samplename_GGCAAATCAAGTAAGC-1 . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . 4 . . . . . .
#> samplename_GGTCTTGAGCAAGGGT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 . . . . . .
#> samplename_GGTTATGGTGTTTCAC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . .
#> samplename_GTAGGCGAGTGCACGC-1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 2 . . . .
#> samplename_GTCAAACTCTAGCGTG-1 . . 3 . . . . . . . . 1 . . . 8 . 1 . . . . . .
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#> samplename_GTGCGGTTCCCAGTAG-1 1 . 1 . . . 1 . . . . 1 . 3 . 1 . 5 . 2 . . . .
#> samplename_GTGTGCGGTGGACCTG-1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . .
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#> samplename_TAGTCAATCGCTTGCT-1 . . . 1 . . 2 . . . . . . . . . . 3 . 1 . . . .
#> samplename_TCGTCAACACCAACCG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
#> samplename_TCTTAGTTCTAGCGAT-1 . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . 3 . 2 . . . .
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#> samplename_TCTTGTCCAGCATTAT-1 . 1 1 . 1 . . . . . . . . . . 1 . 3 . . . . . .
#> samplename_TGAGGGCCAAGCCACT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
#> samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 . . . . . .
#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 3 . . . . . .
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . .
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 1 . . . 1 . . . . 2 . . . 1 . 1 . 2 . . . . . .
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 3 . . . . . .
#>
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 . 1 . . . . 1 . . 2 . . . . . . . . 1 . . . .
#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 . 2 . 1 . . . 1 . 1 . . . . 1 . . 2 . . . 1 .
#> samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1 . 8 . 2 1 2 . . . 3 . 2 . 1 2 . 2 1 . . . . .
#> samplename_AATCCTAAGGTCCTAG-1 . 6 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
#> samplename_AATTTCCTCGAAGTGA-1 . 2 . 1 . . . 2 . . . 1 . 1 . . . 3 . . . . .
#> samplename_ACATCATCAGGCTTCG-1 . 4 . 2 . 1 . . . . . . . . 1 . . 1 1 . . . .
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#> samplename_ACCAGGACAGTTTGTG-1 1 4 . . 1 . . . . . . . . . . . . 15 1 . . . .
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#> samplename_ACGTTACAGACAAGTG-1 . 3 . . . . . . . . . . . . . . 1 4 . . . . .
#> samplename_ACTTACTTCATTAGCA-1 . 7 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
#> samplename_AGACCCGGTCTAGCTT-1 2 1 . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . 1 . . . .
#> samplename_AGCAAATAGCGAGGTG-1 . 3 . 2 3 . . . . . . . . 2 . . . . . . . . .
#> samplename_AGGATATAGGGCTTAT-1 . 14 . 2 . . . . . . . . . . . . 2 24 . . . . .
#> samplename_AGGCGGATCTGCAACG-1 . 6 . . . . . . . . . . . 3 3 . 5 . . . . . .
#> samplename_AGGTCATTCTTGTCTG-1 . . . 1 . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . .
#> samplename_AGTGAACCACAGGATG-1 . 2 . . 2 . . . . . . . . 1 3 . . . 1 . . . .
#> samplename_AGTTGCAGTCCTTAGT-1 . 3 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> samplename_ATGTGAGAGCACGTTG-1 . 2 . . . . 2 . . . . . . 3 . . . 1 . . . . .
#> samplename_ATTTGCAAGCGTGCGT-1 1 4 . . . 2 . 1 . . . . 1 4 . . 1 . . . . . .
#> samplename_CCCGTAAAGTGGACAA-1 . 14 . 1 . . . 1 . 3 . 4 . 2 13 . . . . . . . .
#> samplename_CCGCAAGGTAAGGTTT-1 . 13 . 6 2 1 . . . 4 . . . 1 2 . . 13 . . . . .
#> samplename_CCGGTTAAGGAGCAAC-1 . 3 . . . 1 . . . . . . . . . . . 7 . . . . .
#> samplename_CCTAAAGGTTTATTCG-1 . 7 . . . . . . . . . . . 2 1 . 1 4 . . . . .
#> samplename_CGAAGCGAGACAAGTG-1 . 2 . 1 . . . . . 1 . . . . . . . 3 . . . . .
#> samplename_CGCACCACAAGGACCA-1 . 2 . 1 1 . . 1 . 1 1 . . . 2 . . . . . . . .
#> samplename_CGGGTATGTATCTGGA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> samplename_CGGTTGGGTGTTGTAG-1 . 2 . . 1 . . . . . . . . . . . 1 2 . . . . .
#> samplename_CGTCCTAGTTGTCATC-1 . 3 . . . . . 2 . 1 . . . . 3 . . . . . . . .
#> samplename_CTCCTGAGTAACGGGA-1 . 1 . 3 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
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#> samplename_CTGCTATGTTCCGGCT-1 . 1 . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
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#> samplename_GCCATTACAGGCGAGT-1 1 11 . . . . . . . . . . . . . . . 21 . . . . .
#> samplename_GCGCCTTGTTCCGGGA-1 . 3 . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> samplename_GGTTATGGTGTTTCAC-1 . 2 . . . . . 1 . 2 . . . . 4 1 . . . . . . .
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#> samplename_GTCTAACAGGAGCACG-1 . 1 . . . 1 . . . . . . . 1 . . . 3 . . . 1 .
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#> samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1 . 6 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
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#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 . 2 . . 1 . . . . . . 1 . . 7 . . . . . . . .
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . .
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#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 . . . . . . . 3 . 1 . . . 2 . . . 5 . . . . .
#>
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 . 1 . . . 1 . . 3 . . . . . 5 . . . . . . . 2 .
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#> 264 265 266 267
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -1.33045670 -1.1268922 -0.4027804140 0.105630914
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#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 -0.003171325 -0.003171325 -0.200944180
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#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -0.239762745 -0.239762745 -0.401716420
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 -0.309286333 -0.309286333 1.898769647
#> 273 274 283
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -0.057153392 -0.057153392 -0.034450324
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 -0.510662865 -0.510662865 1.876538609
#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 -0.009790538 -0.009790538 0.014889513
#> samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1 0.124766092 0.124766092 0.155062702
#> samplename_AATCCTAAGGTCCTAG-1 0.264238864 0.264238864 0.300357240
#> samplename_AATTTCCTCGAAGTGA-1 -0.432084085 -0.432084085 -0.425031085
#> samplename_ACATCATCAGGCTTCG-1 -0.908726424 -0.908726424 -0.921569060
#> samplename_ACCAAACTCTAACCTT-1 0.056725222 0.056725222 0.084181723
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#> samplename_ACTTACTTCATTAGCA-1 2.017301451 2.017301451 -0.256833636
#> samplename_AGCAAATAGCGAGGTG-1 -0.036659748 -0.036659748 -0.013101250
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#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 -0.104429780 -0.128538942 -0.6828695 -0.6828695
#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 -0.279430361 -0.301627511 -0.8437818 -0.8437818
#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 0.007680066 -0.017653982 1.6502326 1.6502326
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 -0.040881842 -0.065685313 -0.6244374 -0.6244374
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 2.114461703 2.066109484 1.3573924 1.3573924
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 2.053819041 2.006129389 1.3016317 1.3016317
#> 288 289 290 291
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 1.89769656 1.6633319 1.6128872 2.147168727
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 1.45448128 1.2134797 1.1703217 -0.642088291
#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 -0.29200965 1.7103127 1.6591071 2.195357750
#> samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1 -0.16050731 -0.4256923 -0.4422993 0.004424712
#> samplename_AATCCTAAGGTCCTAG-1 -0.02420043 1.9821322 1.9265237 2.474167159
#> samplename_AATTTCCTCGAAGTGA-1 -0.70471757 -0.9780518 -0.9857117 -0.562138830
#> samplename_ACATCATCAGGCTTCG-1 -1.17054063 0.8186263 0.7818641 1.280741359
#> samplename_ACCAAACTCTAACCTT-1 -0.22700373 -0.4931845 -0.5086982 -0.064803023
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#> samplename_ACGCTTGAGACTATTG-1 -0.24063857 -0.5070235 -0.5223131 -0.078997912
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#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 -0.33443358 -0.305433153 -0.310267686 -0.34883401
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#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 1.68306824 1.683339284 1.561451139 1.48577221
#> 297 298 299 300
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#> 352 353 354 355
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#> samplename_AGTAATCGTGGTTAGC-1 -0.67756376 -0.67756376 -0.67756376 -0.71831348
#> samplename_AGTGAACCACAGGATG-1 1.47876453 1.47876453 1.47876453 1.49008595
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#> 360 361 362 363
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#> samplename_TGAGGGCCAAGCCACT-1 -0.007101220 -0.030580284 -0.5853712 -0.8674869
#> samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1 -0.535240341 -0.555034228 -1.0814966 0.8391323
#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 -0.120616943 -0.143303932 -0.6920061 -0.9799374
#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 -0.283037868 -0.304591539 1.2699007 1.0889682
#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 -0.016565947 -0.039978969 -0.5942622 -0.8768628
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 -0.061637054 -0.084735585 -0.6366013 1.3082914
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -0.312151684 -0.333502208 1.2425516 1.0601276
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 -0.368435138 -0.389392935 -0.9248025 -1.2254302
#> 371 372 373 374
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -0.9196143 -0.7689029 -1.0737578 -0.8294546
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 0.8733461 0.9860041 0.8822477 1.0097697
#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 -0.8733218 -0.7235930 -1.0232557 -0.7819677
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#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 1.56712466 1.0208069 1.0592788 1.1619302
#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 -0.45045241 1.4608110 1.4612682 1.4440742
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#> 379 380 383 384
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -1.0481328 -1.0493615 -0.7616680 -0.8601935
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#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 1.5854637 -0.6766465 -0.476583628 -0.45012421
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#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 -0.5430196 -0.6206711 -0.417534658 -0.39143221
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#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 1.3448204 -0.9118407 1.528868853 1.54320454
#> 723 724 727
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#> samplename_TAGCTTGCAAATTCGT-1 2.046623349 2.046623349 1.999183747 1.7326815
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#> samplename_TGAGGGCCAAGCCACT-1 -0.238194178 -0.238194178 -0.258180594 -0.7664461
#> samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1 -0.753680705 -0.753680705 -0.767473302 -1.3302840
#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 -0.348990412 -0.348990412 -0.367645558 -0.8876348
#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 -0.507520230 -0.507520230 -0.524270563 -1.0610343
#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 -0.247432158 -0.247432158 -0.267307576 1.6265216
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#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -0.535936567 -0.535936567 -0.552345465 -1.0921160
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 -0.590871643 -0.590871643 -0.606620469 -1.1522038
#> 732 733 734
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -0.3422678007 -0.3450991622 -0.42094083
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 1.6071831553 1.6204783486 1.53731188
#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 -0.2919349122 -0.2943499021 -0.37038069
#> samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1 2.2824586597 2.3013399732 2.21563625
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#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 -1.7532524 -1.46335844 -1.53649284 -1.52966868
#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 -3.6619640 -3.37407097 -3.02735587 -3.06885205
#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 -3.1208652 -2.86792844 -2.98903707 -3.05271366
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 -2.1787253 -1.89676647 -1.98136210 -1.99293667
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -1.2647156 -1.04194709 -1.17604611 -1.22373246
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 -0.4435983 -0.19992713 0.13212665 0.12637882
#> CHCHD7 CHD7 ASPH MTFR1
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 -1.86415860 -1.9665473 -2.0113841 -1.7656893
#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 -0.77091313 -0.4628624 -0.4856235 -0.2064948
#> samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1 -0.52372089 -0.2389054 -0.2850751 -0.3647338
#> samplename_AATCCTAAGGTCCTAG-1 -1.99263853 -2.0790532 -2.1078060 -2.1830757
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#> samplename_ACATCATCAGGCTTCG-1 -1.39229224 -1.4922553 -1.5347615 -1.6197910
#> samplename_ACCAAACTCTAACCTT-1 -1.42968820 -1.5366072 -1.3401673 -1.0936789
#> samplename_ACCAGGACAGTTTGTG-1 -0.30552969 -0.3947322 -0.4266707 -0.4929511
#> samplename_ACCGCAATCCCTGATC-1 -0.69529224 -0.3997925 -0.4351851 -0.1684775
#> samplename_ACGTTACAGACAAGTG-1 -0.15031180 0.1718001 0.1630300 0.1244889
#> samplename_ACTTACTTCATTAGCA-1 -2.39760647 -2.1141156 -1.9152617 -1.6705080
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#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 -2.82699626 -2.76679815 -2.6927684 -3.03148806
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 -2.32129134 -2.30970543 -2.2907927 -2.14094104
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -2.45141268 -2.39995822 -2.3395042 -2.66728232
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#> MTDH COX6C KLF10 FZD6
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#> samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1 1.63090341 2.18071500 1.19836129 0.59261365
#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 -0.33146191 0.08098588 -0.57369760 0.80177724
#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 -0.50503322 -0.12827425 1.44174057 1.17267140
#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 -0.22026769 0.21504327 -0.47328679 1.48998360
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 2.13702012 0.15697449 -0.51678110 1.45100152
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -0.53614573 -0.16578396 -0.75853158 0.32138011
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 -0.59629311 -0.23829852 -0.81284598 -1.76439429
#> 256 257 258 259
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 1.04143644 1.03727684 0.98614386 1.37459364
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#> samplename_TCTTTGTAGGACTTAC-1 1.0104749 0.68288710 -0.004785012 0.60662628
#> samplename_TGAGGGCCAAGCCACT-1 1.3491696 1.00888565 -1.432430323 -1.42236553
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#> 341 342 343 344
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#> samplename_TCTTGACGTACCGTTT-1 -1.1853584 -1.1826910 -1.1826910 -1.0820018
#> samplename_TCTTTGTAGGACTTAC-1 -1.3542745 -1.3514177 -1.3514177 -1.2430309
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#> samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1 0.7336563 0.7341730 0.7341730 0.7474108
#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 1.1611470 1.1611846 1.1611846 1.1549412
#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 0.9936856 0.9939109 0.9939109 0.9952988
#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 -1.0523520 -1.0498336 -1.0498336 -0.9552056
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 -1.0988218 -1.0962513 -1.0962513 -0.9995057
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 0.9636683 0.9639272 0.9639272 0.9666830
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 0.9056381 0.9059621 -1.4122160 -1.3010554
#> 352 353 354 355
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -0.43751662 -0.43751662 -0.43751662 -0.47246967
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#> samplename_TCTTTGTAGGACTTAC-1 -0.8654151 -0.63614206 -0.62913850 -0.8402495
#> samplename_TGAGGGCCAAGCCACT-1 -0.5674674 -0.33618783 -0.33248659 -0.5429432
#> samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1 -1.0880036 -0.86022958 -0.85075894 -1.0623589
#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 -0.6793490 1.78463867 1.76499081 1.5591610
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#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 -1.45198380 -1.39958289 -1.39951641 -0.8911587
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 -1.51467919 -1.45993183 -1.46001010 -0.9364085
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -1.86315330 -1.79536382 -1.79624667 -1.1879160
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 1.12222817 1.14319835 1.14936407 1.0154234
#> 688 689 690 691
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -0.47022474 -0.5031520 -0.9905218 -0.9905218
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#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 1.2350206 -0.9776230 -0.6976165 -0.154737033
#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 -1.1633742 -1.1417659 -0.8565408 -0.328892517
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#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 -1.2482424 -1.2280685 -0.9400996 -0.420459554
#> 698 699 700 701
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -0.058993851 1.4465877 1.4983502 1.5058290
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#> 264 265 266 267
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#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 -0.003171325 -0.003171325 -0.200944180
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#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 0.125356652 0.125356652 -0.091874925
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 0.069683007 0.069683007 -0.139119759
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -0.239762745 -0.239762745 -0.401716420
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 -0.309286333 -0.309286333 1.898769647
#> 273 274 283
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -0.057153392 -0.057153392 -0.034450324
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 -0.510662865 -0.510662865 1.876538609
#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 -0.009790538 -0.009790538 0.014889513
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#> samplename_AGCAAATAGCGAGGTG-1 -0.036659748 -0.036659748 -0.013101250
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#> samplename_AGGCGGATCTGCAACG-1 -0.528570671 -0.528570671 -0.525545139
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#> samplename_AGTGAACCACAGGATG-1 -0.407023169 -0.407023169 -0.398924095
#> samplename_AGTTGCAGTCCTTAGT-1 -0.337906731 -0.337906731 -0.326922653
#> samplename_ATGTGAGAGCACGTTG-1 -0.172238926 -0.172238926 -0.154339670
#> samplename_ATTTGCAAGCGTGCGT-1 -0.747182066 -0.747182066 -0.753281643
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#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 2.114461703 2.066109484 1.3573924 1.3573924
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 2.053819041 2.006129389 1.3016317 1.3016317
#> 288 289 290 291
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 1.89769656 1.6633319 1.6128872 2.147168727
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#> samplename_ACTTACTTCATTAGCA-1 -0.54692451 -0.8178958 -0.8281500 -0.397864458
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#> samplename_AGGATATAGGGCTTAT-1 1.59693350 1.3580651 1.3125651 -0.493784894
#> samplename_AGGCGGATCTGCAACG-1 -0.79901401 -1.0737602 -1.0798699 -0.660308470
#> samplename_AGGTCATTCTTGTCTG-1 -0.27974930 -0.5467199 -0.5613665 -0.119715104
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#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 -0.39563949 -0.365767490 1.800039521 1.71962984
#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 1.77168858 1.770697664 -0.523422585 -0.55776246
#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 2.04821771 2.043288995 1.900215212 1.81781924
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 -0.33443358 -0.305433153 -0.310267686 -0.34883401
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -0.59440315 -0.561700741 -0.551452076 -0.58523618
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 1.68306824 1.683339284 1.561451139 1.48577221
#> 297 298 299 300
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -0.3001254233 -0.34444777 -0.7177964 -0.46772052
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 -0.7227328243 -0.76636620 1.0264757 1.28095051
#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 1.8760386125 -0.30038417 1.5027345 1.75841034
#> samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1 -0.1306019077 -0.17520063 -0.5448167 -0.29430458
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#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -0.312151684 -0.333502208 1.2425516 1.0601276
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 -0.368435138 -0.389392935 -0.9248025 -1.2254302
#> 371 372 373 374
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#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 -0.80819500 -1.6901591 -1.6832905 -1.3117983
#> 379 380 383 384
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -1.0481328 -1.0493615 -0.7616680 -0.8601935
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#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 1.4501566 -0.9986961 -0.7153729 -0.8107948
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#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 -1.3059682 -1.3060022 -1.2511500 -0.77576839
#> 389 390 391
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -0.291708804 -0.081519745 -0.056882172
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#> samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1 1.658031168 -1.0292430 -1.0545153 -1.0271390
#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 -0.166971084 1.4560447 1.4382912 1.5074709
#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 -0.328392624 -0.7940960 -0.8186568 -0.7873253
#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 -0.063560320 -0.5456445 -0.5694537 -0.5339431
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 -0.108354102 1.5110360 1.4934489 1.5635536
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -0.357327301 -0.8212409 -0.8458839 -0.8150090
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 -0.413264440 -0.8737182 -0.8985199 -0.8685277
#> 398 399 406 408
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -0.5491278 -0.5491278 -0.033406399 -0.057115917
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 -0.9733855 -0.9733855 -0.491529897 -0.510328028
#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 -0.5048199 -0.5048199 0.014438326 -0.009784119
#> samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1 -0.3789423 -0.3789423 0.150363941 0.124684284
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#> samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1 -0.753680705 -0.753680705 -0.767473302 -1.3302840
#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 -0.348990412 -0.348990412 -0.367645558 -0.8876348
#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 -0.507520230 -0.507520230 -0.524270563 -1.0610343
#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 -0.247432158 -0.247432158 -0.267307576 1.6265216
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 -0.291423500 -0.291423500 -0.310770340 -0.8246682
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -0.535936567 -0.535936567 -0.552345465 -1.0921160
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 -0.590871643 -0.590871643 -0.606620469 -1.1522038
#> 732 733 734
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -0.3422678007 -0.3450991622 -0.42094083
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 1.6071831553 1.6204783486 1.53731188
#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 -0.2919349122 -0.2943499021 -0.37038069
#> samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1 2.2824586597 2.3013399732 2.21563625
#> samplename_AATCCTAAGGTCCTAG-1 -0.0007216444 -0.0007276141 -0.07785259
#> samplename_AATTTCCTCGAAGTGA-1 1.6906894615 1.7046754489 1.62119522
#> samplename_ACATCATCAGGCTTCG-1 1.1841577836 1.1939535599 1.11237656
#> samplename_ACCAAACTCTAACCTT-1 2.2101510753 2.2284342347 2.14300220
#> samplename_ACCAGGACAGTTTGTG-1 -0.1369072375 -0.1380397830 -0.21465306
#> samplename_ACCGCAATCCCTGATC-1 1.8280733712 1.8431958473 1.75919942
#> samplename_ACGCTTGAGACTATTG-1 -0.2360744749 -0.2380273673 -0.31426804
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#> samplename_TCTTTGTAGGACTTAC-1 -0.9049913 1.980838207 1.9979908020 1.94089914
#> samplename_TGAGGGCCAAGCCACT-1 1.8766821 2.313626737 2.3292983821 2.26697775
#> samplename_TGCTCTCAGCTGTACG-1 -1.1510379 -0.745724932 -0.7164387983 -0.73068910
#> samplename_TGGACTAGTGTTTCAC-1 -0.6993161 -0.289283860 -0.2620289447 -0.28345111
#> samplename_TTACACCGTGGTTATG-1 -0.8762696 -0.468086073 -0.4400354662 1.96933572
#> samplename_TTAGCTGCAAATACCT-1 1.8663705 -0.174738592 -0.1479934174 -0.17121539
#> samplename_TTCAACCGTTGGGTTA-1 -0.6350590 -0.224355436 -0.1973894600 -0.21983182
#> samplename_TTGCATTTCTCACATT-1 -0.9079884 -0.500136221 -0.4719429866 -0.49005212
#> samplename_TTTGACCGTTTCAGGA-1 1.4830178 1.915849763 1.9332915645 1.87722104
#> 739 740 741
#> samplename_AACTTAGTCCTCATCA-1 -0.37487110 -0.7208442 -1.38549909
#> samplename_AAGAATCAGGTGTTAC-1 -0.83405545 -1.1276274 0.73676471
#> samplename_AAGCCACGTTAGTACG-1 -0.32691558 1.3738349 1.02396571
#> samplename_AATAACCGTAGTTGGC-1 -0.19067521 -0.5576684 2.19640010
#> samplename_AATCCTAAGGTCCTAG-1 -0.04945718 -0.4325659 -0.91263006
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